L'antica e più modesta chiesa, orientata da est ad ovest, era governata dall'Abate Nicodemo, nel 1469 ma, secondo le disposizioni testamentarie del fisico Dott. Antonio Bifali di Melpignano, marito di Raimonda Coletta di Soleto, la chiesa fu ricostruita nel 1648, adibita a monastero di clausura, ed inaugurata nel 1689 dall'Arcivescovo di Otranto Monsignor Ferdinando De Aguinar. E' da ritenersi uno dei più grandi edifici sacri di Soleto ed è da attribuirsi all'architetto Francesco Manuli di Corigliano; il suo è un prospetto seicentesco nel quale si inseriscono un portale riccamente intagliato e sormontato da una tozza statua del titolare e, in alto, una finestra di egregia fattura sorretta da due mensole eleganti. L'interno della chiesa è a navata unica, rettangolare, coperta da volte a stella intervallate da archi a tutto sesto che la dividono in tre campate. Le prime due sono destinate ai fedeli e, sul lato destro, sono affiancati due altari dedicati rispettivamente alla Trinità, con una tela del 1680, e a S. Francesco e S. Chiara, fondatori degli ordini francescani. Il titolare della chiesa, S. Nicola, è raffigurato in una tela del 1726, collocata sulla parete del presbiterio, nella quale sono anche raffigurati i quattro miracoli del Santo: lo schiavo liberato, il pegno delle tre monete che il Santo chiede a tre ragazze per farle sposare, il cavallo guarito e i tre fanciulli salvati dalla morte. Sul lato sinistro si trova invece l'altare di S. Domenico ed un vano che collega la chiesa alla sagrestia. Di seguito, accanto al presbiterio, vi è il coro da dove le monache, fino al 2002, cioè fino al loro trasferimento in un altro monastero, partecipavano alle funzioni religiose, separate da una grata in ferro battuto. Potevano seguire i riti sacri anche dal primo piano, attraverso alcune aperture schermate in corrispondenza del coretto e della sagrestia, o dal coro di notte, che permette l'affaccio diretto sull'altare maggiore. Sono interessanti da notare il tabernacolo in tartaruga ed ebano, a forma di conchiglia, dono del Duca Filomarini di Cutrofiano.